課程資訊
課程名稱
新興模式生物發育功能基因體分析技術
Techniques for Developmental Functional Genomics of Emerging Model Organisms 
開課學期
106-1 
授課對象
生命科學院  生命科學所  
授課教師
郭典翰 
課號
LS5081 
課程識別碼
B21 U2250 
班次
 
學分
2.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期四6,7(13:20~15:10) 
上課地點
生科632 
備註
總人數上限:10人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1061LS5081_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

本課程的授課對象是以非傳統之新興模式生物為研究對象的學生。近年來透過Evo-Devo研究以及基因體技術的應用,十八世紀以降發展出來的比較動物學在二十一世紀獲得一個嶄新的面貌。但也由於技術上的革命性發展,有志於比較動物學研究的學生在知識與技術的準備上,也面臨偌大挑戰。此課程的目的在於系統性地去介紹目前在非模式動物(或新興模式動物)的發育或功能性生物學研究常用的技術方法。主要課程內容包括: 公開取用基因體資料庫的使用、演化樹分析、功能性基因體分析、生物影像分析等。除正規上課之外,學生也要進行一個簡單的project,透過實作來達成有效的深化學習。課程前半將著重於基因體資料庫的應用,後半段則著眼於基因表現的功能性分析。 

課程目標
1.熟悉以新興模式生物分析特定課題時可使用之軟體資源及工具。
2.了解以新興模式生物進行實驗時可用之取徑。
3.了解新興模式生物的優勢及限制。
 
課程要求
1.對開發或使用非傳統新興模式動物進行研究有興趣。
2.上課須自備筆記型電腦。
 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
待補 
參考書目
較基礎介紹部分摘用教科書素材,較進階的部分則以原始期刊文獻為主。 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第2週
9/21  Genome Projects 
第3週
9/28  Genome annotation 
第4週
10/05  Finding orthologous genes (local BLAST) 
第5週
10/12  Databases for structural motifs and small sequence elements (microRNA and TF binding sites) 
第6週
10/19  DISCUSSION: student project proposal 
第7週
10/26  Phylogenetic analysis I: principles, alignment 
第8週
11/02  Phylogenetic analysis II: distance-based methods & Maximum Parsimony 
第9週
11/09  Phylogenetic analysis III: Maximum Likelihood methods 
第10週
11/16  Phylogenetic analysis IV: Bayesian inference 
第11週
11/23  Phylogenetic analysis V: Character Evolution, Time Tree 
第12週
11/30  DISCUSSION: project progress review 
第13週
12/07  Gene function analysis I 
第14週
12/14  Gene function analysis II 
第15週
12/21  Bioimaging and image processing 
第16週
12/28  Bioimaging and image processing 
第17週
1/04  Student's presentation